Desconozco si ya disponéis de un sistema que obliga a añadir a los usuarios a añadir el servidor a la lista de servidores de Minecraft, y si no es así de esta manera se evitarían bastantes ataques de bots, ya que la mayoría se conectan de manera directa. Spoiler: Ejemplo https://www.spigotmc.org/resources/no-direct-connect-anti-bot-attacks.34847/ (la versión bungee no es estable)
También he visto servidores que en el mismo lobby/logueo te ponen por ejemplo una suma, y tienes que poner el resultado para poder realizar acciones
El problema que ello presenta es que nosotros tenemos usuarios "tontos" que no saben hacer ese tipo de cosas, por lo que no vamos a correr esos riesgos... Tendría que ver qe opina @Alex