No tengo conocimiento de que alguna vez existiera nether 2. Tengo conocimiento de otros mapas removidos, como pueden ser jungla, towers 2, pero de momento el único duplicado es rome1/rome2 y magic1/magic2. Y de ser removido creo que no habría por que dar explicaciones, es decir, quitaron un mapa que a fin de cuenta estaba dos veces, y solo reducía el espacio en el tablero de mapas.
Yo llevo 5 años en el servidor y jamás escuché de un nether 2, aunque me puede fallar la memoria claramente...