Como ya he revisado en el servidor y para otros usuarios que puedan tener el mismo problema: El efecto de la gravedad de la arena/grava en el servidor es modificado para evitar lag. Esto hace que al bajar no se actualicen los bloques cercanos, y, por tanto el agua fluya. La solución sería cambiar el pistón por pegajoso (y la arena/grava por tierra) o directamente buscar otro mecanismo.