Si, si se puede establecer una tienda en el nether, lo que nesesitas solo es poner tu CARTEL de WELCOME en el nether donde va hacer la tienda, y ya estaría lista.
Las únicas diferencias del nether son: El bioma no se puede cambiar Los árboles generan diferente Los spawners creo que no se pueden poner, y tampoco quitar los existentes En lo demás, es idéntico al overworld